Penekun Lontar Ida Bagus Made Baskara mengatakan kata 'Prajapati' berasal dari dua suku kata. Yakni Praja dan Pati. Praja itu artinya rakyat atau kawula, sedangkan Pati artinya intisari.
Keberadaan tentang Pura Prajapati di Bali, kemungkinan besar merujuk pada Lontar Tutur Gong Besi. Diuraikan bahwa etika Ida Hyang Praga Dharma Sunya turun ke bumi dan berada di Pura Dalem disebut dengan Hyang Bagawati atau Giri Putri atau Siwa.
Kemudian ketika berada di Pura Puseh, maka Ida Hyang Praga Dharma Sunya disebut Sri Wisnu Rambut Sedana. Selanjutnya saat di Pura Desa diyakini disebut dengan Dewa Brahma dan saktinya Dewi Saraswati.
Kemudian ketika merujuk ke uluning setra (kuburan), maka disebutkan pula dalam Lontar Gong Besi bermanifestasi sebagai Brahma Prajapati. Begitu berstana di tengahing setra, maka disebut sebagai Hyang Durga Dewi.
Begitupun juga saat berstana di pengaskaran atau pemuunan agung maka disebut Durga Hyang Maha Bhairawi. “Ini berarti kaitan Pura Dalem, Pura Prajapati dan setra itu sangat erat dan berhubungan satu sama lainnya. Karena itu adalah rajanya Pati.
Secara umum semua manusia pasti akan meninggal. Ini dianalogikan sebagai akhir dari kehidupan, maka harus lapor terlebih dulu kepada Prajapati,” jelas pria asal Griya Gunung Kawi Manuaba, Tampaksiring, Gianyar ini.
Ketika ada upacara Pangabenan, atiwa-tiwa, maka sudah pasti nunas di Prajapati. Di Pura Prajapati, hanya ada satu palinggih, yakni Palinggih Padmasana yang tunggal sebagai stana Sang Hyang Prajapati.
Dikatakan Ida Bagus Made Baskara, keberadaan Pura Prajapati sangat erat diulas dalam Lontar Durga Kala. Dalam lontar ini disebutkan, ketika Ida Bhatari Durga turun ke bumi, maka berstana di Pura Dalem. Singkat cerita, Ida Bhatara Durga hanya berkenan bertemu dengan Ida Bhatara Siwa, asalkan umat manusia mau membuat palinggih yang disebut Prajapati. Palinggih ini lah sebagai stana Ida Bhatara Siwa. Sedangkan Durga dipuja di Pura Dalem.
Dalam Lontar Durga Kala juga disebutkan, saat Ida Bhatara Siwa malinggih di Prajapati, diiringi para dewata. Namun Ida Bhatara Siwa mengubah diri sebagai Sang Hyang Durga Kala. Nah ini lah yang berstana di Prajapati sebagai penguasa surga dan neraka. Sedangkan Dewi Durga juga diberikan anugerah untuk menguasai hidup dan mati manusia.
Maka dari itu, saat piodalan di Palinggih Prajapati dipersembahkan sarana berupa banten tebasan yama niloka. Sarana ini dipersembahkan sebagai manifestasi Ida Bhatara Siwa yang berstana di Pura Prajapati sebagai Dewa Yama atau hakim agung roh leluhur. “Nah beliau lah yang menentukan, apakah sang roh akan masuk surga dan neraka. Tentu itu dikaitkan sebagai karmanya semasa hidupnya,” jelasnya.
Ia menambahkan, antara Pura Dalem dan Pura Prajapati diyakini sebagai dua kekuatan Rwa Bhineda yang tidak bisa dipisahkan. Hyang Bhatari Durga di Pura Dalem dan Hyang Dewa Siwa di Pura Prajapati. Sehingga melalui palinggih ini, Ida Bhatara Siwa bisa bertemu dengan Durga di setra tepatnya pengulun setra. “Inilah mengapa palinggih ini penting sekali,” sebutnya.
Di sisi lain, posisi Pura Dalem yang ada di Desa Adat di Bali tidak semua berada di uluning setra. Sebab, ada juga di dauh desa (sisi barat), sisi delod desa (selatan), kangin desa (timur). Namun justru disesuaikan dengan apa yang dijelaskan dalam Lontar tutur Durga Kala. Di sana dijelaskan bahwa Ida Bhatari Durga diperkenankan turun ke bumi dan berstana di lima posisi penjuru.
Ketika Ida Bhatari dipuja di sebelah timur desa, maka dipuja di Pura Dalem Durga Laya sebagai Sang Hyang Parwati. Ketika Ida Bhatari Durga dipuja di sebelah selatan desa, maka dipuja di Pura Dalem Cungkub.
Ketika Ida Bhatari Durga dipuja di Pura Dalem di sebelah barat desa, maka disebut Pura Dalem Sunya. Ketika dipuja di sebelah utara, maka disebut Pura Dalem Kadewatan. Kalau Ida Bhatari durga dipuja di bagian tengah tengah desa disebut Pura Dalem Darma Wisesa. “Prinsipnya Pura Dalem adalah tempat memuja Durga, dan di Prajapati memuja Siwa,” katanya lagi.